La vicenda del Mavi Marmara ha portato all'attenzione dei media il recente cambio al vertice del MIT, l'Agenzia di Intelligence turca. A fine maggio, infatti, il quarantaduenne Hakan Fidan ha sostituito Emre Taner.
Secondo l'israeliano Haaretz (ripreso anche dal Riformista) la nomina di Fidan, diplomatico e già consigliere dell'attuale Ministro degli Esteri, sta provocando preoccupazione nell'intelligence israeliana la quale teme di perdere il rapporto privilegiato con i Servizi turchi. Ciò a causa dello stretto legame esistente tra il nuovo Sottosegretario (il titolo che spetta al capo del MIT) ed il Premier Erdogan, capo del partito islamico AKP.
Secondo la stampa generalista e la rivista specializzata Intelligence Online a Fidan sarebbe stato affidato l'incarico di potenziare l'attività estera del MIT (l'Agenzia opera sia all'interno che all'estero) a supporto delle nuove strategie regionali del governo turco.
Il curriculum di Fidan infatti sembra perfetto per questo obiettivo. Laurea negli Stati Uniti, master e PhD in Turchia (con tesi di analisi comparata sulle organizzazioni di intelligence), esperienze di rilievo in ambito internazionale (compresa quella presso lo United Nations Institute for Disarmament Research).